Vaakumpumpasid kasutatakse laialdaselt, kuid need seisavad silmitsi ka arvukate väljakutsetega praktilisel kasutamisel.
1. pitseerimisprobleemid: vaakumpumbad vajavad äärmiselt suurt tihendus jõudlust. Kui tihend ebaõnnestub, väheneb pumba efektiivsus märkimisväärselt.
2. kulumine ja määrimine: töö ajal põhjustab pöördvõrkude ja pöörleva labade vaakumpumba siseseina vaheline hõõrdumine kulumist. Lisaks nõuab pumba sisemine määrimissüsteem regulaarset kontrolli ja hooldust.
3. Gaasi korrosioon ja saastumine: pumbatud gaas võib sisaldada söövitavaid aineid või lisandeid, mis võivad kahjustada pumba sisemist struktuuri ja lühendada selle kasutusaega.
4. Energiatarbimine ja keskkonnakaitse: kasvava keskkonnateadlikkuse abil on tööstuses peamiseks fookuseks muutunud vaakumpumba energiatarbimise ja heitkoguste vähendamine.